Lo que podrías hacer es crear un canal auxiliar y mandar los dos canales de guitarras a ese aux, de esa forma podrías por ejemplo hacer lo que se llama compresión paralela, ponerle algunos efectitos, o automatizar paning. Se me ocurren muchas cosas.
pero lo que dice Felipe es correcto, en realidad no es necesario hacer un bounce de los dos tracks de guitarra si es que quisieras ahorrarte recursos de la compu.
Hey Feli.... long time no see....